Wkrótce odkryła wszyty na karku tajemniczy mikroprocesor. Jego usunięcie wywołało u niej chorobę nowotworową nosogardła. Wyzdrowiała jednak po odkryciu przez Muldera, że przyczyną choroby było usunięcie implantu.
Niedługo po tych wydarzeniach Scully odkryła, iż kolejnym efektem jej zniknięcia jest bezpłodność, jako że „ukradziono” wszystkie komórki jajowe jej i innych porwanych kobiet. Komórki używane były do eksperymentów z tworzeniem ludzko-pozaziemskich hybryd – takich jak trzyletnia Emily, biologiczna córka Scully, której istnienie agentka odkryła przypadkiem. Scully chciała adoptować dziewczynkę; Emily wkrótce umarła na anemię hemolityczną autoimmunizacyjną.
Okazało się jednak, że Mulder odnalazł wcześniej w tajnym laboratorium fiolki z pobranymi od Scully komórkami jajowymi. Dzięki temu Scully mogła poddać się sztucznemu zapłodnieniu, co jednak nie przyniosło oczekiwanego rezultatu i agentka porzuciła nadzieję na zostanie matką. Jednak po tajemniczym zniknięciu Muldera na wiosnę 2000 odkryła, że jest w ciąży. Ukrywała to przed przełożonymi i nowym partnerem Johnem Doggettem w obawie przed odsunięciem od pełnionych obowiązków, uniemożliwiającym odnalezienie zaginionego Muldera.