Scully uzyskała dyplom z fizyki na Uniwersytecie Marylandu w College Park. Jest też doktorem medycyny, specjalizuje się w medycynie sądowej. Po ukończeniu studiów wstąpiła do Akademii FBI. Uzyskawszy stopień agenta specjalnego, rozpoczęła pracę jako wykładowca na Akademii. W roku 1992 została przydzielona do pracy w Archiwum X – jako twardo stąpający po ziemi naukowiec miała pilnować i hamować swojego nowego partnera Foxa Muldera. Od drugiego sezonu ich przełożonym jest Zastępca Dyrektora Departamentu FBI Walter Skinner.
Scully nie okazała się jednak posłuszna zaleceniom przełożonym i wkrótce zyskała zaufanie Muldera. Duet, dzięki pełnej otwartości na sprawy niezwykłe Muldera i naukowemu podejściu Scully, odnosił duże sukcesy i zdołał rozwiązać wiele spraw. Gdy zaczęli odkrywać zbyt wiele, przełożeni odsunęli ich od Archiwum X i przydzielili do oddzielnych zajęć. Scully powróciła na stanowisko wykładowcy na Akademii. Gdy posunięcie to okazało się niewystarczające do powstrzymania agentów, Scully zniknęła w tajemniczych okolicznościach na trzy miesiące. Powróciła w tajemniczych okolicznościach, jej stan był krytyczny, była w śpiączce. Między innymi dzięki nieugiętej postawie Muldera zdołano przywrócić ją do zdrowia.