Kolejną realizacją, w której wziął udział Jakub Fontana przy boku ojca jest kościół franciszkanów przy ulicy Zakroczymskiej w Warszawie, konsekrowany w 1737 roku. Budowa kościoła była przygotowana przez Jana Chrzciciela Ceroniego. W 1750 roku kościół otrzymał dopiero fasadę, która jest przypisywana Jakubowi Fontanie (fasada została przebudowana przez Józefa Borettiego w 1788). Po śmierci ojca Józefa w 1741 roku Jakub objął przedsiębiorstwo i wszystkie roboty. Dorobek młodzieńczy przedstawia się dość skromnie i silnie związany był z działalnością budowlaną ojca Józefa. Samodzielną pracę Fontana rozpocznie w 1737 roku po przyjeździe z podróży po północnych Włoszech i Rzymie oraz stolicy Francji i Wiednia.
Na okres dojrzały przypadają lata 1743-1763. Od 1742 roku marszałek wielki koronny Franciszek Bieliński zatrudnia Fontanę przy ważniejszych funkcjach publicznych i prywatnych. Ważne będzie wykonanie pomiarów pod kierunkiem Jakuba Fontany wszystkich nieruchomości miasta Warszawy celem wyznaczenia podatku łokciowego i uporządkowania stolicy.
Od 1743 roku wzrasta liczba zamówień i liczba zleceniodawców ze środowisk magnackich oraz klasztornych z Warszawy, jak i spoza niej. Jest autorem Collegium Nobilium (1743-54), szpitala św.