W Warszawie włączył się w działalność konspiracyjną (wprowadzony przez Jana Nowaka-Jeziorańskiego). Został początkowo adiutantem dowódcy Tajnej Armii Polskiej, mjr. Jana Włodarkiewicza. Od września 1940 był instruktorem w Szarych Szeregach. Zajmował się prowadzeniem szkoleń samochodowych w Warszawie, następnie od 1941 we Lwowie. W lipcu 1942 roku został aresztowany przez Gestapo. W czasie śledztwa był torturowany, mimo to nie przyznał się i nikogo nie wydał. W wyniku starań przyjaciół po kilku miesiącach został zwolniony z więzienia, po czym wrócił do działalności konspiracyjnej. W konspiracji awansował na stopień porucznika.
thumb|left|Powstanie warszawskie: Por. Wacław Micuta „Wacek”, dowódca plutonu pancernego „Wacek” batalionu „Zośka” na zdobycznym czołgu niemieckim typu „Pantera” w okolicach ulicy Okopowej. Latem 1944 powrócił do Warszawy, zostając oficerem do specjalnych zadań dowódcy Harcerskiego Batalionu Szturmowego „Zośka” Armii Krajowej. Po wybuchu powstania warszawskiego i zdobyciu przez batalion w drugim dniu powstania dwóch czołgów niemieckich PzKpfw V Panther, został wyznaczony dowódcą nowo utworzonego plutonu pancernego, walczącego na Woli (była to jedyna jednostka pancerna powstańców). Jego zastępcą był Eugeniusz Romański ps. „Rawicz”.