W 2005 dziennikarz „Gazety Wyborczej” Mikołaj Lizut zarzucił Kobylańskiemu fałszerstwo zaświadczenia o pobycie w obozie koncentracyjnym i wykorzystanie tożsamości Janusza Kobylańskiego, urodzonego cztery lata wcześniej. Ten artykuł był pisany razem z Hanną Woysław, która podpisała się jako Hanna Recman. W 2005 dziennikarz Rzeczpospolitej Jerzy Morawski zarzucił Kobylańskiemu (który miał się wówczas posługiwać imieniem Janusz) kolaborację z hitlerowcami podczas okupacji Polski w czasie II wojny światowej, w tym wydanie w ręce funkcjonariuszy gestapo członków rodziny Szenkerów, czemu zainteresowany zaprzeczył.
Deklaracja IPN w sprawie W konsekwencji doniesień prasowych pion śledczy Instytutu Pamięci Narodowej prowadził od jesieni 2004. do stycznia 2007 postępowanie sprawdzające w tej sprawie. W kwietniu 2006 szef pionu śledczego IPN Witold Kulesza poinformował, że „dotychczas nie znaleziono dowodów, by prezes Unii Stowarzyszeń i Organizacji Polskich w Ameryce Łacińskiej Jan Kobylański istotnie zadenuncjował w czasie wojny Niemcom małżeństwo Żydówipn.gov.pl.”. W styczniu 2007 Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Warszawie wydała postanowienie o odmowie wszczęcia śledztwa w tej sprawie.