Pułkownik prowadził budowę aparatu państwowego, co nie zostało zrealizowane za rządów poprzedniego prezydenta. Pierwszym etapem budowy była likwidacja niezależności wilajatów (struktur samorządowych odpowiadających polskim województwom), które były przez byłych liderów partyzanckich traktowane jako własne strefy wpływów. Bumedien w polityce administracyjnej odszedł od zasady przydzielania urzędów weteranom wojny o niepodległość, nadając stanowiska państwowe osobom do tego kompetentnym. Powołał rady gminne i zgromadzenia wilajtowe. W lutym 1967 roku przeprowadzone zostały pierwsze wybory do Gminnego Zgromadzenia Ludowego. Prezydent liczył, że takie rady przyciągną najbardziej aktywnych działaczy i wzmocnią rządzącą monopartię u podstaw. Rady gminne nie zostały zrealizowane na skutek braków personalnych i niedostatecznych finansów. Kolejnym etapem budowy administracji było utworzenie działających przy prefektach, Wilajatowych Zgromadzeń Ludowych. Zgromadzenia koordynowały politykę gospodarczą, socjalną i kulturalną na poziomie lokalnym. Pierwsze wybory do nich odbyły się w maju 1969 roku a wszyscy kandydaci startowali z listy Frontu Wyzwolenia Narodowego. W ramach reformy administracyjnej zwiększono liczbę wilajtów do 31 (z 15) a powiatów do 161.