Bazował przy tym na niezadowolonych z rządów Ben Belli członków rządzącej partii i wojskowych.
Wykorzystując coraz większe niezadowolenie wojska z prób ograniczania jego roli przez urzędującego prezydenta, 19 czerwca 1965 aresztował Ben Bellę i jego najbliższych współpracowników w całkowicie bezkrwawym zamachu stanu. Przejęcie władzy przez Huariego Bumediena wywołało międzynarodowe zaskoczenie, niemniej jednak w kraju obeszło się bez większego sprzeciwu obywateli. Po sukcesie zamachu powołał do życia Radę Rewolucyjną, na czele której stanąłLaurent Greilsamer, Ostatnie dni Huariego Bumediena, w: Ostatnie dni dyktatorów, wyd. Znak Horyzont, Kraków 2014, tłum. Anna Maria Nowak, s. 118..
Rządy thumb|Huari Bumedien z przywódcami Iraku Abdem ar-Rahmanem Arifem, Egiptu Gamalem Abdelem Naserem, Syrii Nur ad-Dinem al-Atasiem i Sudanu Isma’ilem al-Azharim (1967) thumb|Huari Bumedien i przywódca Kuby Fidel Castro (1972) thumb|Huari Bumedien podczas rozmów Iracko-Irańskich z wiceprezydentem Iraku Saddamem Husajnem i szachem Iranu Mohammadem Rezą Pahlawi w 1975 Wraz z rozpoczęciem jego rządów w kraju rozpoczął się okres stabilizacji. Stabilizacja została zakłócona jedynie raz w 1967 roku kiedy doszło do nieudanej próby puczu niechętnych mu wojskowych. Jego styl rządów znacznie odbiegał od sposobu noszenia się Ben Belli.