W 1998 znalazł się na 34 miejscu na liście „100 najbardziej seksownych mężczyzn na świecie” wybrany przez magazyn „Cosmopolitan”.
thumb|220px|Jonathan Rhys Meyers na premierze filmu Mission: Impossible III (2006) Najczęściej obsadzany był w rolach charakterystycznych, ale niejednoznacznych, które niepokoją amoralnymi poglądami i raczej nie budzą sympatii. Julie Taymor powierzyła mu rolę sadystycznego gotyckiego księcia Chirona, jednego z synów Tamory (Jessica Lange) w surrealistycznym dramacie historycznym Tytus Andronikus (Titus, 1999) na podstawie tragedii Williama Shakespeare’a. Brał udział w przesłuchaniach do głównej roli szeregowego Ronalda Bozza w dramacie wojennym Kraina tygrysów (2000), którą ostatecznie zagrał Colin Farrell. W serialu BBC Gormenghast (2000) na motywach książki Mervyna Peake’a wystąpił w roli archetypowego makiawelicznego intryganta Steerpike Steerpike’a, niezwykle inteligentnego, bezwzględnego antagonisty, gotowego usprawiedliwić wszelkie środki, by osiągnąć swój cel. Był chłopakiem Lizzie (Christina Ricci) – Noahem w dramacie psychologicznym Erika Skjoldbjærga Pokolenie P (Prozac Nation, 2001). W komedii sportowej Gurinder Chadhy Podkręć jak Beckham (Bend It Like Beckham, 2002) zagrał oddanego trenera piłki nożnej dziewcząt.