Gdy wrócił do kraju wraz z załogą i majątkiem fabryki, wysunięto wobec niego zarzuty o współpracy z Niemcami w przemyśle zbrojeniowym. Zweryfikowano je i oddalono zarzuty wobec Jerzego Bukowskiego, lecz jeszcze nieraz oskarżano go o kolaborację z Niemcami. Od października 1945 do września 1946 pracował w przemyśle na stanowisku dyrektora administracyjnego Zjednoczenia Przemysłu Motoryzacyjnego.
Od kwietnia 1946 pełnił funkcję zastępcy profesora Katedry Budowy Płatowców i Mechaniki Lotu na Politechnice Łódzkiej. W tym samym objął stanowisko kierownika Katedry Hydrauliki i Aerodynamiki oraz zakładu o takiej samej nazwie na Wydziale Mechanicznym PW.
Oprócz pracy na Politechnice Warszawskiej uczestniczył w organizacji szkolnictwa wyższego technicznego w Polsce, w latach 1953–1969 w Radzie Głównej Szkolnictwa Wyższego. Brał udział w organizacji Muzeum Techniki w Pałacu Kultury i Nauki w Warszawie (1955) oraz w pracach Komitetu Historii Nauki i Techniki PAN (jako jego przewodniczący) i Międzynarodowej Unii Historii i Filozofii Nauki.
Był aktywnym działaczem w organizacjach technicznych.