Gdy wybuchła II wojna światowa fabryka została przeniesiona do Krzemieńca i tam też przeniósł się J. Bukowski. Jednak z powodu braku istotnych części J. Bukowski otrzymał od dowództwa lotnictwa polecenie powrotu do stolicy i przywiezienia śmigieł do myśliwców. Podczas oblężenia Warszawy uczestniczył w ratowaniu budynku Instytutu Aerodynamicznego przed pożarem. W listopadzie 1939 został zatrzymany i uwięziony na dwa tygodnie na Pawiaku.
W 1940 kierował fabryką Szomańskiego, która funkcjonowała jako zakład stolarski „Holz und Metallerzeugniss Fabrik W. Szomański”. Produkowano wówczas stolarkę budowlaną, narty oraz wozy konne. W następnym roku Niemcy zlecili zakładowi produkcję śmigieł, a potem nazwa została zmieniona na „Szomański Propellerwerk”.
Za zgodą Jerzego Bukowskiego w fabryce funkcjonowały jednostki Armii Krajowej, Narodowych Sił Zbrojnych i Polskiej Partii Robotniczej. W 1944 chcąc ocalić fabrykę, zdecydował się na jej ewakuację na Dolny Śląsk, a w styczniu 1945 do miejscowości Niemes w Czechach. Tam pracował z grupą Polaków do maja 1945.