Życie prywatne Ożenił się z Anną Szczawińską, córką Jakuba, starosty mirachowskiego. Ich pierwsze dziecko, Jakub, przyszło na świat w 1609 roku. W sumie mieli pięciu synów: Jakuba, Ludwika, Jana, Karola i Mikołaja oraz trzy córki: Zofię, która wyszła za Jana Potulickiego z Chodzieży, a po jego śmierci za Łukasza Oktawiusza Leskiego, Elżbietę, która wydała się za Andrzeja Massalskiego, wojewodę mińskiego i Zuzannę, która została mniszką.
Synowie Jana Weihera Jan Weiher miał pięciu synów: Jakub Wejher Ludwik Wejher Jan Wejher Karol Wejher Mikołaj Wejher Tylko jeden z nich pozostawił potomstwo płci męskiej. Był to Ludwik, wojewoda pomorski, pułkownik ziem pruskich. Pozostali synowie albo umierali bezdzietnie albo mieli potomstwo płci żeńskiej, jak Jakub. Tym należy tłumaczyć stopniowy upadek rodu w latach późniejszych. Po śmierci synów Jana Weihera ród ten nigdy już nie błyszczał na firmamencie polskiej polityki. Prawnuk Jana, o tym samym imieniu, dał początek mazowieckiej linii Weiherów, która dla podkreślenia faktu oderwania się od niemieckich korzeni nie tylko zmieniła pisownię swego nazwiska, ale i nazwę swego herbu na Pomerzanin, a potem Skarzyna.