Weiher, lekko ranny kulą armatnią w rękę, wrócił do Polski, by wkrótce wyruszyć na Wołoszczyznę do walki z Turkami i Tatarami.
Obrona Zatoki Gdańskiej Już w 1601 roku został odwołany z Wołoszczyzny i wysłany do Gdańska, gdzie miał wybudować 5 okrętów wojennych. Dał się poznać jako zręczny dowódca piechoty i okrętów wojennych strzegących Zatoki Gdańskiej przed Szwedami. Dał się we znaki również gdańszczanom, bardzo czułym na punkcie swobody handlu morskiego. W roku 1606 flota szwedzka próbowała wedrzeć się na wody Zatoki Gdańskiej. W sierpniu na jej spotkanie wyszła mała eskadra polska pod dowództwem Jana Weihera. Zaskoczeni Szwedzi zrezygnowali z wysadzenia desantu, ale już dwa miesiące później, w październiku 1606 roku, admirał Jakub Gotberg ponowił próbę lądowania na Mierzei Helskiej. Tym razem Polacy wystawili flotyllę w sile 12 okrętów. Szwedzi mieli 19 jednostek. Flota szwedzka przypuściła atak artyleryjski, okręty polskie odpowiedziały armatami, wspierane dodatkowo ogniem muszkietów z Helu. Po wymianie ognia obie strony wycofały się.