(jedna z trzech zachowanych na świecie), barokowe, intarsjowane meble elbląskie, cynowe naczynia z XVI-XVIII w., wyroby złotnicze z warsztatów pomorskich, elbląska i holenderska ceramika biała, zdobiona kobaltem (naczynia, kafle, piece kaflowe), kolekcja kartuszy herbowych elbląskiego patrycjatu miejskiego z XVII-XIX w. elbląskie starodruki, archiwalia, plany miasta, militaria z XII-XV w., dokumenty i pamiątki po osadnikach przesiedlonych do Elbląga w latach 1945–1947, ze wschodnich terenów Polski.
Wystawy: Truso – legenda Bałtyku (od maja 2015) Goci. Znad Bałtyku do Rzymu. Wystawa stała otwarta w 2016 roku. Elbląg reconditus (od września 2014) Świadectwa. Twarze historii - historia w twarzach(od sierpnia 2014) Miasto nowych ludzi. Elbląg w pierwszej powojennej dekadzie 1945-1955 (od listopada 2021) Elbląg. Historia ukryta pod ziemią. Żuławy – Ziemia ujarzmiona. Między trzema gardzielami Wisły (od listopada 2018) Relikty chwały Elbląga i regionu (od listopada 2018) Nummi et arma. Wystawa numizmatów i uzbrojenia ze zbiorów Muzeum. Kunstkamera Edwarda Parzycha(od lutego 2020)