Muzeum kierowali:
Henryk Cieśla (1955–1960) Danuta Milewska (1960–1975) Lidia Abramowicz (1975–1976) Janusz Łowiński (1976–?) Kazimierz Solak (?–1993) Kazimierz Arbart (1994–2004) Maria Kasprzycka (2004–2019) Lech Trawicki (2019–2024) Mirosław Siedler (od 2025); (2024–2025, p.o.)
Zbiory Muzeum Biorąc pod uwagę wiek miasta Elbląga oraz bogatą historię okolicznych terenów elbląskie, muzeum ma szerokie perspektywy rozwojowe. Wciąż prowadzone badania archeologiczne, m.in. na elbląskim Starym Mieście przynoszą systematycznie nowe odkrycia oraz dostarczają ciekawych eksponatów.
Za sprawą miejsca, w jakim znajduje się muzeum, główną część jego zbiorów stanowią eksponaty z Elbląga, Żuław, Pomorza i krajów północnoeuropejskich. Ciekawsze eksponaty: okulary z XV w. (najstarsze znalezione w Europie), giterna z XV w.