Na początku 1982 roku przyjęto nowy statut przedsiębiorstwa, a w 1983 roku utworzono Samorząd Pracowniczy.
Od 1990 roku Kolejny etap w dziejach „Naszej Księgarni” to lata 1990–1992, kiedy próbowała przetrwać w toku przemian ustrojowych i ekonomicznych. W przejściowym okresie po transformacji dyrektorką przedsiębiorstwa i naczelną redaktorką została Anna Węgrzyn, rekomendowana przez zakładową „Solidarność”. Na stanowisko dyrektora do spraw produkcji i naczelnego grafika powołany został Mirosław Tokarczyk. Oficyna miała kłopoty finansowe, głównie z powodu załamania ścieżek dystrybucji przy równoczesnym braku działu sprzedaży (dotychczas całe nakłady hurtowo odbierała Składnica Księgarska) i nadmiernie rozbudowanej struktury wydawniczej. W 1992 roku firma miała długi i około 30 ton niesprzedanych książek składowanych we własnych magazynach w budynku o powierzchni 4 tys. m², za który musiała opłacać dzierżawę ZNP.
Ostatecznie doszło do likwidacji przedsiębiorstwa państwowego i jego przekształcenia w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością. Spółka rozpoczęła działalność gospodarczą w grudniu 1992 r. pod nową nazwą Wydawnictwo „Nasza Księgarnia”. Część udziałów i funkcję prezesa objął wówczas Mirosław Tokarczyk. Od 2001 roku pełni ją Agnieszka Tokarczyk.