Wraz z przekształceniem w przedsiębiorstwo państwowe „Nasza Księgarnia” po raz pierwszy od swojego powstania była niezależna od Związku Nauczycielstwa Polskiego. Jednak już pod koniec 1957 roku ZNP uzyskało od ministra kultury i sztuki narzędzia wpływu na wydawnictwo, m.in. poprzez powołaną Radę Programowo-Wydawniczą, której skład ustalał Zarząd Główny ZNP. Do pierwszej Rady weszli: Marian Brandys, Michał Bylina, Henryk Dzienisiewicz, Michał Godlewski, Krystyna Gromkowa, Maria Gutry, Tadeusz Jabłoński, Aleksander Kamiński, Szczepan Kowalczyk, Halina Kowalewska, Stanisław Kwiatkowski, Maria Kann, Kazimierz Maj, Józef Malarecki, Janina Porazińska, Tadeusz Parnowski, Antoni Rajkiewicz, Kazimierz Rusinek, Konstanty Sopoćko, Bogdan Suchodolski, Stefan Szuman, Irena Skowronkówna, Irena Szadziewska, Alina Szemińska, Stanisław Tułodziecki, Wacław Tułodziecki, Teofil Wojeński, Wacław Wojtyński, Zofia Zakrzewska, Zofia Zemankowa.
W 1973 roku przedsiębiorstwo poddano reorganizacji. Nadal kierował nim dyrektor, ale korzystając z Rady Konsultacyjnej, Kolegium Wydawnictwa i Kolegium Czasopism. Działały redakcje zajmujące się konkretnym rodzajem wydawnictw i redakcje czasopism.