Trwająca od lipca 2009 r. modernizacja budynku zakończyła się jesienią 2011 r., co pozwoliło na rozpoczęcie użytkowania obiektu we wrześniu 2011 r. Projekt rewaloryzacji oraz całej adaptacji został wykonany przez pracownię AIR Jurkowscy Architekci. Cała inwestycja kosztowała blisko 30 mln zł. Fasadę poddano renowacji poprzez oczyszczenie cegieł, wymianę stolarek okiennych oraz przebudowanie wnętrza muzeum. Największą ingerencją było zadaszenie całego dziedzińca. Nowy budynek muzeum został nagrodzony w konkursie Brick Award, nominowany do Mies van der Rohe Award oraz wyróżniony w Konkursie SARP na najlepszy obiekt architektoniczny w Polsce 2011 roku. Ekspozycja stałą została otwarta 27 września 2012 r.
Działalność muzeum Działalność statutowa muzeum polega na gromadzeniu, opracowywaniu, restaurowaniu, magazynowaniu i udostępnianiu unikatowych zbiorów związanych z Armią Krajową. Instytucja prowadzi także szeroko pojętą działalność dydaktyczną i popularyzatorską. Organizowane są lekcje muzealne, spotkania z kombatantami i historykami, odczyty, prelekcje, pokazy filmów, promocje książek.