W 1991 r. organizatorzy wystawy podjęli decyzję o przekształceniu jej w pierwsze w kraju Muzeum Historii AK. 6 listopada 1991 r. utworzyli Fundację Muzeum Historii Armii Krajowej, której celem – zgodnie ze statutem – było „prowadzenie wielokierunkowych działań i wszelkich prac zmierzających do uwidocznienia i zachowania historii Armii Krajowej”. W skład pierwszego zarządu Fundacji weszli: Kazimierz Kemmer, Marian Barbach, Ryszard Ciepiela, Leon Wysocki, Tadeusz Musiał, Antoni Śliwa oraz Mieczysław Figa. Dzięki życzliwości dowódcy krakowskiego garnizonu gen. Zenona Bryka zbiory przewieziono i wyeksponowano w budynku nr 4 na terenie Jednostki Wojskowej 1820 przy ul. Bosackiej 13 (obecnie Wita Stwosza 12).
Uroczyste otwarcie Muzeum Historii AK w nowej siedzibie nastąpiło już 16 maja 1992 r. W 1997 r. Rada Miasta Krakowa wyraziła wolę utworzenia w Krakowie – jako instytucji samorządowej – Muzeum Armii Krajowej. W latach 1998–1999 przeprowadzono prace remontowe, które umożliwiły częściową adaptację budynku dla potrzeb muzealnych. Ostatecznie w 2000 r. powołano Muzeum Armii Krajowej jako wspólne przedsięwzięcie Gminy Kraków i Województwa Małopolskiego. Oficjalna inauguracja jego działalności nastąpiła 27 września 2000 r.