W działalność polityczną zaangażował się w 1963, wstępując wówczas do Chrześcijańskiej Demokracji. Został w tymże roku radnym miejscowości Reggio nell’Emilia, zrezygnował z tej funkcji z uwagi na działalność naukową. W 1978 wraz z kilkoma innymi wykładowcami z jego uczelni przekazał wskazówki, które miały przyczynić się ujawnienia kryjówki, gdzie przetrzymywano porwanego i później zamordowanego przez terrorystów z Czerwonych Brygad byłego premiera Alda Moro. Romano Prodi powoływał się wówczas na „seans spirytystyczny”, co wzbudziło wiele wątpliwości dotyczących faktycznego źródła informacji. Wątpliwości te podnoszono ponownie, wiązały się z ponawianymi od lat 90. oskarżeniami o domniemaną współpracę z KGB. Informacje na ten temat miałyby się znajdować w tzw. Archiwum Mitrochina, zarzuty te według Maria Scaramelli miał także potwierdzić przed swoją śmiercią Aleksandr Litwinienko.