Masakra na Słobódce 25 czerwca kontynuowano aresztowania Żydów. Liczba zatrzymanych stała się wkrótce tak duża, że miejscowe więzienie uległo zapełnieniu, a Żydów zaczęto umieszczać w podmiejskim Forcie VII należącym do kompleksu umocnień carskiej Twierdzy Kowno. Byli tam przetrzymywani w fatalnych warunkach, bez wody i żywności. Jakiekolwiek przejawy nieposłuszeństwa były karane zastrzeleniem na miejscu, dochodziło także do zgwałceń na kobietach.
W południe 25 czerwca przy jednym z mostów nad Wilią grupę około trzydziestu Żydów pobito, zmuszono do tańczenia oraz śpiewania religijnych i komunistycznych pieśni, a na koniec wszystkich zastrzelono. Litewscy bojówkarze wdzierali się do żydowskich mieszkań, dokonując mordów, gwałtów i grabieży. W tych ostatnich uczestniczyli także ci mieszkańcy Kowna, którzy bezpośrednio nie uczestniczyli w pogromie.