W tajnym raporcie na temat eksterminacji Żydów w krajach bałtyckich, datowanym na 15 października 1941 roku, Stahlecker przyznawał, że w Kownie „nadspodziewanie trudno było wywołać pogrom żydowski na większą skalę”, a cel ten udało się osiągnąć dopiero dzięki wykorzystaniu „grupy partyzanckiej Klimaitisa”. W rzeczywistości Klimaitis, który przybył do miasta wraz z Niemcami, nie dysponował żadnym własnym oddziałem zbrojnym. Postawiono go na czele bojówki, która została zorganizowana od podstaw przez Niemców spośród około 300 „godnych zaufania elementów” – przede wszystkim radykalnych antykomunistów oraz byłych więźniów politycznych i kryminalnych. Bojówkarzom wydano niemieckie pełnomocnictwa i legitymacje, zapewniono środki transportu, a nawet wyżywienie z niemieckich kuchni polowych. W swym raporcie Stahlecker nie ukrywał, iż Niemcy odegrali decydującą rolę w wywołaniu pogromu, pisząc, że Klimaitis działał „na podstawie udzielonych mu w Kownie przez naszą placówkę wskazówek”. Niemniej do pogromu przyłączyli się także członkowie innych litewskich „oddziałów partyzanckich”, zapewne zachęceni perspektywą bezkarnych mordów i grabieży.