W latach 90. XX wieku, w warunkach osłabienia państwa indonezyjskiego i po uzyskaniu niepodległości przez Timor Wschodni, nasiliły się postulaty samostanowienia, konsekwentnie odrzucane przez Dżakartę. W 1999 r. ustawowo podzielono Irian Zachodni na trzy prowincje: Irian Jaya Barat (Irian Jaya Zachodni), Irian Jaya Tengah (Irian Jaya Środkowy) i Irian Jaya Timur (Irian Jaya Wschodni). Ustawa ta nie weszła jednak w życie.
W 2001 lub w styczniu 2002 roku region uzyskał status autonomii i przyjął nazwę Papua, otrzymując prawo do własnej flagi oraz większego udziału w zyskach z wydobycia surowców mineralnych.
W 2003 roku prezydent prezydent Megawati Sukarnoputri bez konsultacji z ludnością i samorządem ogłosiła podział prowincji na część centralną, Papuę oraz Zachodnią Irian Jaya Barat (Irian Jaya Zachodni) i rozpoczęły tworzenie prowincjonalnych administracji. Indonezyjskie sądy unieważniły jednak wyodrębnienie jednostki centralnej, pozostawiając ostatecznie dwa regiony administracyjne.