Obszar prowincji do ok. 1962 r. stanowił terytorium zależne Holandii (Nowa Gwinea Holenderska), do momentu zaatakowania przez Indonezję. Od 1 października 1962 r. do 1 maja 1963 pod administracją ONZ, po czym terytorium zostało przekazane pod zarząd Indonezji.
Wtedy to zmieniono jego nazwę na Irian Zachodni (Irian to dawne indonezyjskie określenie Nowej Gwinei, lecz w Polsce nie stosowano nazwy Zachodnia Nowa Gwinea), a nazwę jego stolicy na Kotabaru (Kota Baru). Po przeprowadzonym referendum Irian Zachodni został przyłączony do Indonezji jako kolejna prowincja. Sposób przeprowadzenia referendum i co za tym idzie jego wyniki są do tej pory podważane przez rdzenną ludność domagającą się niepodległości i nazywającą ten obszar Zachodnią Papuą.
W 1966 r. ponownie zmieniono nazwę stolicy z Kotabaru na Sukarnopura, a w 1969 r. zmieniono ją na Djajapura (reforma ortografii w 1972 r. wprowadziła zapis Jayapura).
Dalsze dzieje W 1973 r. zmieniono indonezyjską nazwę prowincji z Irian Barat na Irian Jaya, co w tłumaczeniu znaczy „zwycięski Irian”. Jednak nazwa polska (podobnie jak nazwy w innych językach) nie uległa zmianom i nadal używano formy Irian Zachodni.