Jako premier al-Maliki wzmocnił kontrolę rządu nad wojskiem i służbami specjalnymi. Utworzył zależne od rządu biuro dowódcy naczelnego, które miało prawo wydawania rozkazów dowódcom oddziałów z pominięciem dowódców rodzajów sił zbrojnych. Za pośrednictwem biura al-Maliki wręczał również awanse lojalnym wobec siebie oficerom, promując lojalnych wobec siebie szyitów, a eliminując Kurdów, sunnitów i szyitów, którym nie ufał. Utworzył również prowincjonalne dowództwa operacyjne w południowych i centralnych prowincjach Iraku. Stojący na ich czele generałowie, wskazywani przez al-Malikiego, dowodzili równocześnie wojskiem i policją w poszczególnych regionach. W okresie, gdy al-Maliki był premierem, Irak pogrążył się w konflikcie wewnętrznym między szyitami i sunnitami; każda ze stron utworzyła własne milicje, a państwo nie potrafiło opanować walk między nimi. Umocniwszy swoją kontrolę nad wojskiem, al-Maliki, przy pomocy amerykańskiej, wystąpił przeciwko Muktadzie as-Sadrowi. Irackie wojsko wyparło milicję as-Sadra z bagdadzkiej dzielnicy Miasto Sadra i z opanowanych przez nią kwartałów Basry w 2008.