Ostatni rok szkolny przed wybuchem II wojny światowej ukończyło 627 uczniów (jedna czwarta była dziećmi funkcjonariuszy państwowych; odsetek uczniów wyznania żydowskiego wynosił piętnaście procent), grono nauczycielskie liczyło 38 osób.
Po włączeniu Bielska w skład III Rzeszy gimnazjum i liceum zostały rozwiązane. Spośród nauczycieli aż jedenastu straciło życie w czasie wojny, w tym pierwszy dyrektor Franciszek Wojnar, zamordowany w Polenlagrze w Siemianowicach Śląskich. Gmach szkolny był wykorzystywany jako szpital wojskowy. Po wkroczeniu Armii Czerwonej został zamieniony na tymczasowe koszary, potem pod koniec lutego 1945 przekazany władzom szkolnym, by 9 marca znowu zostać przejęty przez Sowietów, tym razem ponownie na potrzeby szpitala wojskowego. Powojenną działalność szkoły – Państwowe Gimnazjum i Liceum Męskie w Bielsku – zainaugurowano 4 kwietnia w tymczasowych pomieszczeniach przy ulicy Cechowej i ulicy 11 Listopada. Do swojego gmachu mogła powrócić od 18 września 1945. W związku z reformą edukacji od roku szkolnego 1948/1948 gimnazjum i liceum (znów jako koedukacyjne) połączono ze szkołą podstawową w „jedenastolatkę”, jaką pozostała do kolejnej reformy w 1961.