Po rozwiązaniu Hanzy miasto zaczęło tracić na znaczeniu. Handel oraz budowa statków pozostały jednak główną gałęzią gospodarki Stralsundu. Stralsund był pionierem reformacji w Niemczech Północnych. Już od 1525 roku większość mieszkańców Stralsundu zaczęła przechodzić na ewangelicyzm.
Podczas wojny trzydziestoletniej miasto z pomocą Szwecji i Danii zapobiegło oblężeniu miasta przez oddziały Wallensteina w 1628 roku i stało się twierdzą. Po zakończeniu wojny trzydziestoletniej i podpisaniu pokoju westfalskiego Stralsund przez ponad 200 lat znajdował się pod panowaniem Królestwa Szwecji jako część Pomorza Szwedzkiego. W roku 1815 Stralsund stał się miastem pruskim. W latach 1818–1932 był powiatem grodzki i zarazem siedzibą rejencji stralsundzkiej, a od 1932 powiatem grodzkim w rejencji szczecińskiej.
W czasie II wojny światowej w ataku bombowym aliantów na Stralsund 6 października 1944 roku zginęło ponad 800 osób cywilnych. 8000 mieszkań oraz wiele zabytków architektonicznych zostało całkowicie lub poważnie zniszczonychArno Krause: Stralsund. In: Schicksale deutscher Baudenkmale im Zweiten Weltkrieg. Band 1, Hrsg. Götz Eckardt, Henschel-Verlag, Berlin 1978, S. 76–84..
1 maja 1945 Armia Czerwona wkroczyła do miasta praktycznie bez użycia siły.