Ze względu na charakter materiału kopalnego, znaleziska dotyczące układu pokarmowego są natomiast wyjątkowo rzadkie.
Koniowate należą do grupy ssaków kopytnych, w obrębie Mesaxonia (ssaki nieparzystokopytne). Wczesne etapy ich ewolucji wiązały się z przystosowaniem do roślinożerności, która wymagała istotnych zmian w budowie i funkcjonowaniu układu pokarmowego. Wraz z innymi roślinożernymi ssakami koniowate wykształciły strategie efektywnego trawienia materiału roślinnego, w tym współpracę z mikroorganizmami jelitowymi (symbiozy), umożliwiającą rozkład trudno strawnych składników pokarmowych. W trakcie trzeciorzędu grupa Mesaxonia, do której należą koniowate, była bardzo zróżnicowana i obejmowała wiele rodzin. Z czasem jednak doszło do znacznego spadku różnorodności tej grupy. Współcześnie do Mesaxonia należą jedynie nieliczne linie ewolucyjne, w tym koniowate, nosorożce, tapiry oraz góralki. W przypadku koniowatych przetrwała tylko niewielka liczba gatunków, będących efektem długotrwałej selekcji i zmian środowiskowych.