W lipcu 1989 r. jako naczelny prokurator wojskowy odmówił uznania rtm. Witolda Pileckiego za niewinnego. W swojej odpowiedzi stwierdził: „Nie negując zasług Witolda Pileckiego w czasie wojny i aktywnej walki z okupantem hitlerowskim, niestety brak jest podstaw do pełnej rehabilitacji wyżej wymienionego w odniesieniu do jego działalności w latach powojennych”.
31 lipca 1990 odwołany przez prezesa Rady Ministrów Tadeusza Mazowieckiego ze stanowiska Naczelnego Prokuratora Wojskowego i zastępcy Prokuratora Generalnego. 19 października 1990 uroczyście pożegnany przez ministra obrony narodowej wiceadmirała Piotra Kołodziejczyka w związku z zakończeniem zawodowej służby wojskowej. Przeniesiony w stan spoczynku w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego 29 listopada 1990.
Za działalność na stanowisku szefa prokuratury wojskowej PRL, IPN chciał postawić Kostrzewie zarzuty dotyczące udziału w bezprawnym pozbawieniu wolności 5 szpiegów wymienionych w czerwcu 1985 r. na Mariana Zacharskiego, jednak śledztwo utknęło po decyzji prokuratorskiego sądu dyscyplinarnego z 2011 r., odmawiającego uchylenia immunitetu Henrykowi Kostrzewie.