Według dokumentów archiwalnych, z dniem 31 października 1946 Andrzej Hrynkiewicz złożył rezygnację ze stanowiska zastępcy asystenta.
Za namową Henryka Niewodniczańskiego, który jesienią 1946 objął II Katedrę Fizyki Doświadczalnej UJ, Hrynkiewicz opuścił Toruń i przeniósł się na stałe do Krakowa. W tym samym roku został zatrudniony jako młodszy asystent i przyjęty do grupy współpracowników oraz wychowanków z Wilna przez Henryka Niewodniczańskiego, który z rozmachem rozbudowywał Zakład Fizyki od podstaw tworząc fizykę jądrową w Krakowie. Po ukończeniu studiów w 1948 w katedrze filozofii na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego Hrynkiewicz został przeniesiony na etat starszego asystenta.
Tytuł doktora uzyskał w 1950, od 1954 pracował na stanowisku docenta. W 1961 został profesorem nadzwyczajnym, a w 1969 zwyczajnym Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.