Zakon ostatecznie musiał pogodzić się z jej utratą, kiedy w 1814 roku traktat paryski oficjalnie uznał brytyjskie zwierzchnictwo nad wyspą. mały|Bitwa morska pod Episkopi (1323) pomiędzy joannitami i osmańskimi Turkami mały|Oblężenie Malty (1565), XVI-wieczny fresk z pałacu wielkich mistrzów w Valletcie mały|Bitwa pod Lepanto (1571), artysta nieznany z końca XVI wieku Po upadku Malty wielki mistrz Ferdynand von Hompesch z konwentem udał się do austriackiego Triestu. W roku 1799, po rezygnacji von Hompescha, nowym wielkim mistrzem i protektorem Kawalerów Maltańskich został car Rosji Paweł I (wybrany 7 listopada 1798). Od roku 1774 na terenie Rzeczypospolitej Obojga Narodów działał katolicki Wielki Przeorat Polski, w 1797 roku przekształcony we Wielki Przeorat Rosji. W 1798 roku został utworzony także nowy prawosławny Wielki Przeorat Rosji. W tym czasie stolicą zakonu stał się Sankt Petersburg. W 1801 roku car Paweł I został uduszony przez członków swojej świty, wśród których było czterech kawalerów maltańskich. Następny car, Aleksander I, syn Pawła I, sam zrzekł się dziedziczenia stanowiska wielkiego mistrza, a na namiestnika kawalerów maltańskich mianował baliwa Nikołaja Sałtykowa;