To późniejsze przetrwało do roku 1798, kiedy to flota Napoleona, kierująca się do Egiptu, zajęła wyspę bez większego oporu, przekształcając ją w zamorską prowincję Francji.
Większość dóbr, które kawalerowie maltańscy zmuszeni byli pozostawić na Malcie, została zajęta przez wojska francuskie. Nie cofnęły się one nawet przed splądrowaniem kościołów, co wywołało bunt miejscowej ludności, początkowo przychylnej Francuzom. Kosztowności należące do zakonu wywieziono z wyspy na statku „L’Orient”, który w czasie bitwy pod Abukirem został zatopiony wraz z całym ładunkiem.
Na skutek wojen napoleońskich w Europie zakon utracił większość swoich komandorii.
Powstanie przeciwko Francuzom wywołane przez Maltańczyków w 1798 r., wsparte przez flotę angielską i portugalską, doprowadziło w roku 1800 do zajęcia Malty przez wojska brytyjskie. Dwa lata później między Francją i Wielką Brytanią został zawarty pokój w Amiens, którego jeden z punktów mówił o przywróceniu Malty zakonowi. Jednak rok później traktat ów został zerwany i do oddania wyspy Kawalerom Maltańskim nie doszło.