Po 22 latach przerwy, ponownie współpracował z Johnem Cale’em, tym razem nad albumem Songs for Drella, poświęconym pamięci Andy’ego Warhola. Wydawnictwo to ukazało się w kwietniu 1990 roku. Kolejna płyta, wydana w 1992 roku Magic and Loss, poruszała temat śmierci i napisana została po stracie dwóch przyjaciół Lou, którzy zmarli na raka. W 1993 roku reaktywowany został zespół The Velvet Underground. Grupa koncertowała w Europie, jednak amerykańska część trasy nie odbyła się po tym, jak Reed i Cale popadli w konflikt. Wydana w 1996 roku solowa płyta Set the Twilight Reeling spotkała się z chłodnym przyjęciem. W tym samym roku Reed napisał piosenki do musicalu Time Rocker. mały|222x222px|Lou Reed w styczniu 2004 Kolejny studyjny album, Ecstasy, ukazał się dopiero w 2000 roku i zyskał przychylność krytyków. W 2003 artysta został sklasyfikowany na 52. miejscu listy 100 najlepszych gitarzystów wszech czasów magazynu Rolling Stone. W tym samym roku ukazał się album The Raven, a cztery lata potem, Hudson River Wind Meditations. 12 kwietnia 2008 roku, podczas prywatnej ceremonii w Boulder w stanie Kolorado, Lou Reed poślubił swoją wieloletnią partnerkę, Laurie Anderson.