W powołanym 14 lipca 2006 nowym rządzie ministrem finansów został Stanisław Kluza.
Po odejściu z rządu został głównym ekonomistą Polskiego Instytutu Dyrektorów. W kwietniu 2007 powołano go na prezesa Polskiej Agencji Informacji i Inwestycji Zagranicznych. W marcu 2009 objął funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Spraw Zagranicznych (w rządzie Donalda Tuska). W listopadzie tego samego roku został członkiem Rady Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych.
W lipcu 2010 został odwołany ze stanowiska podsekretarza stanu w MSZ, następnie powołany na urząd stałego przedstawiciela RP przy Organizacji Współpracy Gospodarczej i RozwojuPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 18 czerwca 2010 r. nr 110-14-2010 w sprawie odwołania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. Pełnił tę funkcję do 20 sierpnia 2014Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 14 sierpnia 2014 r. nr 110-30-2014 w sprawie odwołania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. Został później głównym ekonomistą Zakładu Ubezpieczeń Społecznych. W 2016 zespół pod jego kierownictwem opracował koncepcję tzw. jednolitej daniny, stanowiącej połączenie składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne z podatkiem dochodowym od osób fizycznych.