Od lipca 1999 do stycznia 2005 zajmował stanowisko prezesa zarządu Powszechnego Towarzystwa Emerytalnego Allianz Polska. W 2003 kierowany przez niego fundusz wygrał 2003 ranking realnego wyniku finansowego. W okresie prezesury Pawła Wojciechowskiego w 14 oficjalnych rankingach KNUiFE PTE Allianz Polska 7 razy znalazł się powyżej i 7 razy poniżej średniej rynkowej.
Działalność od 2005 Po odejściu z PTE Allianz Polska współpracował z Jerzym Hausnerem z Partii Demokratycznej przy opracowaniu programu gospodarczego. Później był członkiem zespołu programowego Jana Rokity z Platformy Obywatelskiej, a po wyborach w 2005 objął stanowisko doradcy premiera Kazimierza Marcinkiewicza z PiS.
23 czerwca 2006 urzędujący premier złożył wniosek do prezydenta o odwołanie dotychczasowej minister finansów Zyty Gilowskiej i powołanie na urząd ministra finansów Pawła Wojciechowskiego. Dzień później nominacja została wręczona przez Lecha Kaczyńskiego. Paweł Wojciechowski (którego nominacja według publicystów nie była konsultowana z władzami partii) stanowisko ministra finansów zajmował przez trzy tygodnie. 7 lipca 2006 do dymisji podał się Kazimierz Marcinkiewicz, zaś desygnowany na nowego premiera prezes PiS Jarosław Kaczyński zapowiedział zmianę w resorcie finansów.