Kryteriami podziału były różnice w budowie roślin: istnienie lub brak zróżnicowania liści na pędzie (anizofilia), wykształcanie kłosa zarodnionośnego na szypule lub siedzącego, budowa liści zarodnionośnych (tarczowate, łuskowate lub pośrednie), budowa ściany komórkowej w komórkach epidermy zarodni, budowa zarodników i gametofitu oraz liczba chromosomów. W XXI wieku włączono do kryteriów podziału wyniki badań molekularnych i zaczęła dominować tendencja do wyróżniania drobnych rodzajów. W systemie PPG I rodzina podzielona jest na trzy podrodziny i 16 rodzajów.
W 1944 Werner Rothmaler wyłączył rodzaj Urostachys w osobną, monotypową rodzinę Urostachyaceae, po czym w 1962 przywrócił dla tego rodzaju wcześniejszą nazwę Huperzia i tym samym zmienił nazwę rodziny na Huperziaceae. O ile wyłączanie tych roślin w randze osobnej rodziny nie zostało szerzej przyjęte, o tyle potwierdzono, że faktycznie grupa ta jest bazalna (siostrzana) względem pozostałych widłakowatych. Poza wyraźnymi cechami budowy różniącymi tę grupę, argumentem za jej wyodrębnieniem jest to, że oddzieliła się od Lycopodiaceae sensu stricto już 350 milionów lat temu – nie ma wśród rodzin roślin zarodnikowych innego taksonu tej rangi o tak długiej historii.