Wiosną porozumiał się z Górnikiem Zabrze i z nim rozpoczął przygotowania. Nie został jednak zawodnikiem śląskiego klubu, lecz trafił do Arki, gdzie dostał szansę regularnych występów. Zagrał w jej barwach w 11 meczach ligowych i strzelił 1 bramkę. Rozgrywki 2002/03 Nawotczyński spędził grając głównie w rezerwach Wisły. W kolejnym sezonie Henryk Kasperczak w obliczu kontuzji Arkadiusza Głowackiego i Jacka Paszulewicza odważnie postawił na utalentowanego obrońcę. Nawotczyński nie przekonał jednak sztabu szkoleniowego występami w lidze i eliminacjach LM (dwumecze z Omonią i Anderlechtem). Grał niepewnie, nerwowo, nie ustrzegł się poważnych błędów. Po powrocie kontuzjowanych zawodników znów wylądował w zespole rezerw.
Na początku 2004 roku został wypożyczony do Górnika Polkowice. Zadebiutował w nim 20 marca w spotkaniu z Górnikiem Zabrze. W pierwszych trzech pojedynkach grał głównie w końcówkach, jednak z czasem regularnie pojawiał się w podstawowym składzie. Najczęściej występował na prawej stronie defensywy. 15 maja Nawotczyński w pojedynku z Górnikiem Łęczna strzelił swojego pierwszego gola w Ekstraklasie i tym samym ustalił wynik meczu na 2:0 dla swojego zespołu. Podczas meczu ostatniej kolejki piłkarskiej ekstraklasy pomiędzy Świtem Nowy Dwór Mazowiecki a Górnikiem Polkowice, doznał groźnej kontuzji.