W latach 1956–1957 przewodniczący Ogólnopolskiego Klubu Postępowej Inteligencji Katolickiej, następnie prezes warszawskiego KIK. W latach 1956–1962 był wiceprezesem Zarządu Głównego Związku Literatów Polskich, od 1958 do 1969 członkiem prezydium Ogólnopolskiego Komitetu Frontu Jedności Narodu. W 1957 został posłem na Sejm PRL, mandat pełnił w II, III i IV kadencji. Reprezentował koło „Znak”.
Zawieyski pozostawał w zażyłych stosunkach z hierarchią kościelną. Przyjaźnił się m.in. z prymasem Stefanem Wyszyńskim, z ks. Janem Zieją i ks. Romanem Szczygłem pallotynem. W 1964 został przyjęty na audiencji prywatnej u papieża Jana XXIII, później przez Pawła VI. Księdzu Ziei Zawieyski zawdzięczał swoje nawrócenieJerzy Zawieyski: Zaważył na moim życiu. w: Droga katechumena, Biblioteka „Więzi”, Warszawa 1971, przedruk serwis zieja.ovh.org. [dostęp 2020-09-24]., prymas Wyszyński wspierał go finansowo w trudnych latach powojennej cenzury.
W okresie swojej aktywności politycznej Jerzy Zawieyski starał się odgrywać rolę mediatora pomiędzy I sekretarzem Władysławem Gomułką a kard. Wyszyńskim.