W 1997 doszło do rozłamu w DPS, w rezultacie w wyborach prezydenckich w tym samym roku premier wystartował przeciwko dotychczasowemu prezydentowi. W drugiej turze głosowania Milo Đukanović zwyciężył z wynikiem 50,8% głosów. Urząd prezydenta objął w styczniu 1998, w kolejnym miesiącu formalnie zakończył pełnienie funkcji premiera. Również w 1998 ostatecznie przejął przywództwo w swoim ugrupowaniu. Na czele państwa stał do listopada 2002, nie ubiegał się o reelekcję.
W styczniu 2003 powrócił na stanowisko premiera, zajmując je do listopada 2006. W międzyczasie stał się orędownikiem niepodległości Czarnogóry, kierował ruchem politycznym zmierzającym do niezależności państwa. W maju 2006 nurt niepodległościowy zwyciężył w referendum, we wrześniu koalicja kierowana przez lidera socjalistów wygrała wybory parlamentarne. W listopadzie ustąpił jednak z funkcji premiera i p.o. ministra obrony (którym był przez kilka miesięcy w tym samym roku). Objął natomiast mandat deputowanego do Zgromadzenia Czarnogóry, który wykonywał do 2008 (wybierany później na posła w kolejnych wyborach w 2009, 2012 i 2016).