W pierwszych pluralistycznych wyborach w 1990 komuniści odnieśli w Czarnogórze zdecydowane zwycięstwo, zyskując ponad 80 miejsc w 125-osobowym parlamencie. W lutym 1991 Milo Đukanović został pierwszym premierem Czarnogóry. Dołączył do powołanej przez Momira Bulatovicia (którego wybrano na prezydenta Czarnogóry) postkomunistycznej Demokratycznej Partii Socjalistów Czarnogóry, powstałej z przekształcenia SKCG. Od 1992 do 1993 był jednocześnie ministrem obrony. W 1994 objął funkcję wiceprzewodniczącego swojego ugrupowania. Już w pierwszej połowie lat 90. pojawiły się spory między nim a prezydentem, głównie dotyczące zakresu współpracy i poparcia dla serbskiego przywódcy Slobodana Miloševicia, którego bliskim stronnikiem był Momir Bulatović. Milo Đukanović w prowadzonej polityce starał się normalizować stosunki z państwami zachodnimi celem uzyskania pomocy gospodarczej. Z drugiej strony opowiadał się za pozostaniem Czarnogóry w ramach Federalnej Republiki Jugosławii, jednocześnie otwarcie żądając równego statusu tego kraju i Serbii.