Przed upadkiem ratuje go Tails w swoim samolocie. Razem lecą oddać szmaragd prawowitemu właścicielowi (Knuckles). Jeśli gracz nie uzbierał szmaragdów, Sonic spada sam. Tails go ratuje i w tym wypadku, jednak po napisach końcowych widzimy Eggmana z Głównym Szmaragdem, co sugeruje, że gra nie została w pełni ukończona.
Fabuła Knucklesa ma miejsce po pokonaniu Eggmana przez Sonica. Można to wywnioskować po fakcie, że Eggman i Sonic nie występują podczas gry Knucklesem. Tutaj do czynienia mamy z robotem przypominającym Eggmana znanym jako EggRobo (podczas gry Soniciem występuje on w Sky Sanctuary jako zwykły wróg). Poziomy Knucklesa są nieco inne, generalnie trudniejsze. EggRobo zastępuje Eggmana w roli bossów, i jest od niego nieco trudniejszy. EggRobo usiłuje ukraść Master Emerald po porażce Eggmana. Gdy Knuckles dochodzi do Sky Sanctuary, zostaje schwytany przez EggRobo. Mecha Sonic usiłuje go zniszczyć, jednak Knucklesowi udaje się uciec, w efekcie czego Mecha Sonic niszczy EggRobo. Po porażce Mecha Sonic wskakuje na Główny Szmaragd, zmieniając się w Super Mecha Sonic. Po pokonaniu go Knuckles spada razem z Głównym Szmaragdem.