Grając Soniciem próbujemy ponownie zniweczyć plany Doktora Eggmana, niszcząc Jajo Śmierci (). Początkowo walka z Eggmanem wydaje się bezsensowna, jednak od poziomu Lava Reef można zobaczyć Jajo Śmierci wbite w ziemię (dowód na to, że w Sonic 3 nie został on całkowicie zniszczony). W grze cały czas przeszkadza Knuckles, jednak nie ma z nim prawdziwej interakcji aż do Hidden Palace Zone. Tam Sonic i Knuckles walczą ze sobą, a w tym czasie Doktor Eggman kradnie skarb, którego Knuckles miał pilnować – Główny Szmaragd (). Knuckles, zdając sobie sprawę, że został oszukany, pomaga Sonicowi. Sam będąc wycieńczony walką, nie jest w stanie iść dalej. W Sky Sanctuary obaj widzą Jajo Śmierci wyłaniające się z gęstych chmur. Sonicowi udaje się dobiec na szczyt sanktuarium i po pokonaniu Mecha Socnica, doskoczyć do Death Egg. W końcu dochodzi do walki Sonica z najsilniejszym robotem Eggmana – Egg Emperor Mk II. Robot ten zasilany jest energią Głównego Szmaragdu. Po pokonaniu robota Sonic ściga Eggmana próbującego uciec z Głównym Szmaragdem. Jeśli gracz uzbierał podczas gry wszystkie 7 Szmaragdów Chaosu, ma szansę walki z prawdziwym finałowym bossem na poziomie Doomsday Zone. Walka odbywa się w kosmosie, gdzie Super Sonic ponownie ściga Eggmana uciekającego z Głównym Szmaragdem. Po pokonaniu go, Sonic spada na ziemię wraz ze skarbem.