W wyniku przekształceń strukturalnych Wojskowe Biuro Badań Historycznych zostało rozformowane z dniem 31 grudnia 2009 na podstawie zarządzenia Ministra Obrony Narodowej nr 17/MON z dnia 23 kwietnia 2009 w sprawie utworzenia Wojskowego Centrum Edukacji Obywatelskiej (od 1 stycznia 2010 Wojskowe Biuro Badań Historycznych jest jego częścią)Dz.Urz. MON 2009, 18 maja, nr 8, poz. 96.. Zbiory archiwum wydzielonego Wojskowego Biura Badań Historycznych zostały przekazane do Centralnego Archiwum Wojskowego w Warszawie.
Struktura WBBH 2002Według etatu nr 02/242/0. Kierownictwo Wydział Historyczny Wydział Studiów i Analiz Wydział Dokumentacji Naukowej
2004Według etatu nr 02/242/0 z poprawkami obowiązującymi z dniem 1 stycznia 2004. Kierownictwo Wydział Historyczny Wydział Studiów i Analiz Wydział Dokumentacji Naukowej Redakcja „Przeglądu Historyczno-Wojskowego”
2007Według etatu nr LP/006/0. Kierownictwo Wydział Studiów i Analiz Wydział Historyczny Wydział Dokumentacji Naukowej Redakcja „Przeglądu Historyczno-Wojskowego” Redakcja „Kroniki Wojska Polskiego”