II Rzeczpospolita W odrodzonej Polsce Kiernik rozwijał swoją działalność polityczną. 15 sierpnia 1920 referował ustawę o wykonaniu reformy rolnej. Wchodził w skład Rady Obrony Państwa. W 1920 uczestniczył w polskich delegacjach na rokowania pokojowe w Mińsku i Rydze, gdzie 12 października podpisał umowę o przedwstępnych warunkach pokoju z bolszewikami. W latach 1921–1922 był prezesem Głównego Urzędu Ziemskiego, a następnie był organizatorem Państwowego Banku Rolnego. Pod jego przewodnictwem w Głównej Komisji Ziemskiej dokonano przymusowego wykupu pierwszych prywatnych majątków ziemskich, przygotował m.in. projekty ustaw o komasacji. Ze stanowiska ustąpił wskutek zarzutów podniesionych w sprawie Dojlid. Sąd sejmowy uznał, że zarzuty były oparte na fałszywych informacjach. Był posłem na Sejm Ustawodawczy oraz I, II i III kadencji sejmu.
Ponadto pełnił wiele odpowiedzialnych funkcji w PSL „Piast” oraz współtworzył najważniejsze dokumenty programowe stronnictwa. W 1921 został członkiem Rady Naczelnej partii, a w 1925 został wybrany na członka Zarządu Głównego. Oba te stanowiska sprawował do 1931. W latach 1924–1925 był także redaktorem partyjnej gazety „Piast”.