W dniu 14 maja 1948 ostatni wysoki komisarz Palestyny Alan Cunningham odleciał stąd do Hajfy, skąd odpłynął drogą morską. Opuszczone lotnisko zajęli żydowscy żołnierze z osady Atarot. Jednak już na początku I wojny izraelsko-arabskiej okolicę zajęły siły jordańskiego Legionu Arabskiego. W dniu 17 maja 1948 tutejsze żydowskie osady Atarot i Newe Ja’akow zostały ewakuowane, a następnie zniszczone przez Jordańczyków.
Zawarty 3 kwietnia 1949 rozejm izraelsko-jordański przewidywał, że lotnisko pozostanie w obszarze okupowanym przez Jordanię. W kolejnych latach Jordańczycy odbudowali zniszczone lotnisko, poszerzając jego pas startowy. W trakcie prac budowlanych usunięto pozostałości żydowskich osiedli oraz sąsiedni cmentarz. Wybudowano wówczas budynki personelu lotniska. Swój szczytowy moment rozwoju port lotniczy osiągnął w latach 60. XX wieku, gdy rozpoczęła się turystyka z Europy do krajów arabskich. Port lotniczy Kalandia był wykorzystywany jako najkrótsza droga dotarcia do Wschodniej Jerozolimy. Z tego powodu w 1965 lotnisko otwarto dla ruchu międzynarodowego. W następnym roku przedstawiono plany jego dalszej rozbudowy, nie zostały one jednak zrealizowane. Na samym początku wojny sześciodniowej, w dniu 6 czerwca 1967 lotnisko zajęły siły żydowskiej Brygady „Harel”.