Podczas III Konferencji OUN, która miała miejsce w dniach 17–23 lutego 1943, należał do działaczy wskazujących jako największych wrogów Polaków.
Po masowej dezercji ukraińskiej policji i rozwoju partyzantki ukraińskiej kierował jej działaniami, początkowo razem z Wasylem Iwachiwem, a po jego śmierci 13 maja 1943 w walce z Niemcami – samodzielnie. W tym samym miesiącu zdecydował o objęciu na zdobytych przez UPA terenach całej władzy, z podporządkowaniem lokalnych komórek OUN. Ponadto Klaczkiwski polecił tworzyć oddziały samoobrony w każdej wsi. 15 sierpnia 1943 kolejnym dekretem wprowadzał własność prywatną na obszarach zajętych przez UPA, uznanych za zalążek wolnej Ukrainy. 29 sierpnia 1943 nakazywał zamienić każdą wieś w warownię. Chłopi mieli przechodzić przeszkolenie wojskowe, by móc w razie potrzeby bronić zamieszkiwanej miejscowości, zaś na terenie wsi miały powstawać systemy umocnień i kryjówek. Wielu członków tak powstałych formacji samoobrony weszło po wkroczeniu Armii Czerwonej do Samooboronnych Kuszczowych Widdiłów. We wrześniu wydał polecenie dokonywania na tych obszarach parcelacji porzuconych gospodarstw (przedwojennej własności Polaków), polecił organizację szkolnictwa w języku ukraińskim na poziomie podstawowym oraz wyborów do samorządów lokalnych.