W tym okresie swojego życia Etan spotkał po raz pierwszy późniejszego premiera Izraela, Icchaka Rabina.
Praca w wywiadzie W czasie wojny wyzwoleńczej (1948–1949) służył w wywiadzie wojskowym, co zaowocowało później zatrudnieniem go w nowo utworzonym izraelskim wywiadzie – Mosadzie. Wkrótce jednak przeniósł się do służby bezpieczeństwa wewnętrznego Szin Bet, gdzie był szefem operacji. W 1960 dowodził akcją porwania z Argentyny ukrywającego się tam nazistowskiego zbrodniarza, Adolfa Eichmanna, który został przewieziony do Izraela, osądzony i stracony.
W 1963 został przeniesiony do Mosadu, gdzie zajmował się m.in. sprawą biorących udział w egipskim programie zbrojeń rakietowych naukowców niemieckich. On sam utrzymywał, że w tym czasie nawiązał pierwsze kontakty z ówczesnym prezydentem Egiptu – Gamalem Abdelem Naserem, a w latach 70. XX w. stał na czele tzw. batalionu zemsty (lub szwadronu śmierci), który tropił i likwidował członków palestyńskiej organizacji terrorystycznej Czarny Wrzesień, odpowiedzialnej za masakrę sportowców izraelskich podczas Igrzysk Olimpijskich w Monachium w 1972.
W latach 1964–1966 zajmował się sprawą sprzedaży broni Egiptowi przez Niemcy.