W 1594 odtworzono lub utworzono dekanaty: Przemyśl, Jarosław, Sanok, Sambor, Rzeszów, Dynów i Krosno. Następnie powstały dekanaty Sokołów (1603, od 1630 Leżajsk), oraz Mościska (1641). Kolejne zmiany nastąpiły w 1746, kiedy dekanat przemyski został zastąpiony przez 4 nowe: nowomiejski, pruchnicki, tarnopolski i brzozowski, a więc w sumie diecezja liczyła 12 dekanatów obejmujących 179 parafii i filii. 24 marca 1751 roku bp Wacław Hieronim Sierakowski podzielił diecezję na trzy archidiakonaty: przemyski, jarosławski i brzozowski. Do 1772 roku liczba parafii wzrosła do 181 skupionych w 12 dekanatach i 3 archidiakonatach.
Duże zmiany nastąpiły po rozbiorach Polski, w związku z powstaniem nowej diecezji tarnowskiej. Ostatecznie jej granice ustaliły się na początku XIX wieku. Była drugą co do wielkości w Galicji (po lwowskiej, przed tarnowską i krakowską). Obejmowała 23 570 km², na terenie której żyło w 1880, 885 062 rzymskich katolików, najwięcej z 4 galicyjskich diecezji, a liczba ta urosła do 1914 roku do 1 181 569.