Podczas gdy Maria przebywała w zamknięciu, trwał spór o Ruś Czerwoną pomiędzy Polską a Węgrami. Władysław Opolczyk apelował do Rusinów, aby zachowali wierność wobec Królestwa Węgier i sprzeciwili się królowej Polski Jadwidze. Spotkanie dwóch armii określa się jako bitwa pod Stubnem, choć powieściopisarze woleli wiedzieć to jako wojnę dwóch sióstr, jednak w rzeczywistości żadna z nich nie brała czynnego udziału w walkach. Ruś ostatecznie została przyłączona do Polski.
Sytuacja w kraju nadal była niepewna. Formalny władca – Maria – przebywała uwięziona w twierdzy. Zygmunt Luksemburski został koronowany w marcu 1387 r.
Maria odzyskała wolność dopiero w czerwcu 1387 r. Uwolnił ją jeden z lokalnych możnowładców wspieranych przez wenecką flotę. Przez pewien czas po odzyskaniu wolności podpisywała dokumenty państwowe jako kobieta-król wraz z Zygmuntem, jednak nie trwało to długo. Nie miała żadnego wpływu na męża, tym bardziej w kwestiach politycznych. Maria zdołała tylko poprosić męża o ukaranie zabójcy jej matki i to dopiero po kilku latach.
W 1392 r. na Węgrzech doszło do spotkania Marii z jej siostrą Jadwigą, królową Polski, w którym nie uczestniczył Zygmunt. Wtedy siostry widziały się ostatni raz, ponieważ zaplanowane na luty 1395 r.