O zaplanowanie skrytobójstwa oskarżano Elżbietę i jej głównego doradcę, Mikołaja z Gary.
Władzę w wewnętrznie osłabionym kraju ponownie objęły Elżbieta z córką. Zygmunt wrócił na Węgry, walcząc o swoje prawa. Elżbieta i Maria spotkały się z nim i jego przyrodnim bratem Wacławem, królem Czech. Zawarto ugodę, w której wyrażono zgodę na dopełnienie małżeństwa Zygmunta i Marii. Wkrótce jednak Zygmunt opuścił Węgry z nieznanych przyczyn.
W czerwcu 1386 roku Elżbieta i Maria zawarły z Jadwigą, królową Polski i jej mężem, Władysławem Jagiełłą układ, w którym Polska zobowiązała się do udzielenia im pomocy. Latem tego roku władczynie chciały uciec do Polski, trasa uległa jednak zmianie i królowe salwowały się ucieczką na południe Węgier.
25 lipca 1386 r. orszak władczyń został zaatakowany przez zwolenników zamordowanego Karola. Maria wraz z matką zostały uwięzione w twierdzy Novigrad nad Morzem Adriatyckim. Zygmunt jesienią wkroczył na teren Węgier, jego siły były jednak niewystarczające. Maria wkrótce straciła matkę, która została uduszona na jej oczach w styczniu 1387 roku, co miało być ostrzeżeniem dla Zygmunta.