W paryskim turnieju osiągnęła trzecią rundę, w której została wyeliminowana przez Anastasiję Myskinę, wynikiem 2:6, 3:6.
Część sezonu rozgrywaną na kortach trawiastych rozpoczęła od startu w ’s-Hertogenbosch, gdzie odpadła w ćwierćfinale, przegrywając 6:7(6), 4:6 z Jeleną Diemientjewą. Na Wimbledonie 2006 w pierwszych trzech meczach wygrała z Emmanuelle Gagliardi, Sarah Borwell i Dinarą Safiną. W kolejnej rundzie została pokonana 3:6, 4:6 przez Amélie Mauresmo, późniejszą triumfatorkę turnieju.
thumb|Ana Ivanović na US Open 2006
Na przełomie lipca i sierpnia doszła do trzeciej rundy zawodów w San Diego, a tydzień później do ćwierćfinału w Los Angeles. Następnie wzięła udział w Rogers Cup, turnieju kategorii pierwszej rozgrywanego w Montrealu. Jako tenisistka rozstawiona z numerem trzynastym wyeliminowała Tatianę Golovin w pierwszej rundzie i Zheng Jie w drugiej. Jej kolejna rywalka, Jelena Janković, mecz trzeciej rundy poddała walkowerem. W ćwierćfinale pokonała Katarinę Srebotnik 6:4, 6:4, a w półfinale Dinarę Safinę 6:1, 6:4. Mecz finałowy z Martiną Hingis, trwający pięćdziesiąt osiem minut, wygrała Serbka, wynikiem 6:2, 6:3. Był to drugi tytuł Ivanović zaliczany do cyklu WTA Tour.